เริ่มเรื่องราวจาก มนุษย์กลายพันธุ์ยุคเก่าแก่ผู้ทรงพลังอำนาจ อะพอคคาลิปส์ ในปี 1983 อะพอคคาลิปส์ผู้เป็นอมตะไร้เทียมทานได้รับการปลดปล่อยให้เป็นอิสระหลังจากถูกฝังไว้ในสุสานนานหลายพันปี
ด้วยความโกรธแค้นที่เหล่ามนุษย์กลายพันธุ์ไม่ได้รับการปฏิบัติดังเช่นเทพเจ้าอีกต่อไป อะพอคคาลิปส์จึงได้รวมทีมมนุษย์กลายพันธุ์ผู้ทรงพลัง รวมถึงแม็กนีโตซึ่งอยู่ในสภาพท้อแท้สับสน เพื่อมาทำลายมนุษยชาติและสร้างระเบียบโลกขึ้นมาใหม่โดยตัวเขาเองเป็นผู้ปกครอง
เพื่อหยุดยั้งการทำลายล้างโลกของอะพอคคาลิปส์ เรเว็นและศาสตราจารย์เอ็กซ์ จึงนำทีมเอ็กซ์เม็นรุ่นหนุ่มสาวในการประจันหน้าครั้งยิ่งใหญ่กับศัตรูซึ่งยากจะต้านทานได้