เอ็มไอบี หน่วยจารชนปกป้องจักรวาล 2 ในภาคนี้เล่าถึงระหว่างการออกตรวจอาชญากรรมของเอเลี่ยนตามเดิมนั้น ข้าราชการเจย์ กลับศึกษาค้นพบแนวทางเลวทรามของ เซอร์ลีน่า ศัตรูจากดาวไคโลเธียน ผู้หลบซ่อนตนที่จริงจริงไว้ภายใต้อาชีพดารานางแบบกับสหายร่วมกลุ่มสองหัว แต่ว่ามีปัญญาครึ่งเดียวอย่าง สแคร็ด และก็ ชาร์ลี โดยมีเพียงแต่บุคคลเดียวแค่นั้นที่ล่วงรู้ปฏิบัติงานลับบนโลกคราวนี้ของเซอร์ลีน่า ซึ่งก็คือสมัยก่อนข้าราชการเคย์ ผู้ซึ่งเดี๋ยวนี้กำลังทำหน้าที่อยู่ในหน่วยงานราชการอีกแห่งหนึ่ง ข้าราชการทั้งคู่จะต้องกลับมาร่วมกลุ่มกันอีกรอบเพื่อต่อสู้กับหญิงสาวคนร้าย ผู้ครอบครองเป้าหมายที่ยากรวมทั้งท้า MIB เยอะที่สุด นับจากหน่วยงานที่นี้เคยปฏิบัติงานปกป้องรักษาโลกมา เรื่องราวจะคืออะไร ติดตามต่อได้